学園都市のとある研究所で行われた多次元理論を証明するKK粒子、カルツァ＝クライン理論の実証実験。
　余剰次元の観測を経路とし、「真なる外」より流れ込んだ名実共に規格外の願望成就魔術。

　聖杯戦争の完遂の後、学園都市に降臨するであろう聖杯の真贋を確認するため、集まった魔術師たち。だったがしかし、科学満ちる都市においての英霊召喚は、神秘の不足による失敗に終わる。

　誰もがこの科学の街に聖杯が現れることは無いと確信し、魔術師たちは去り、統括理事長さえも儀式の失敗を認め――されど。

「失敗したわね、アレイスター。始まるわよ、第二次聖杯戦争――いいえ、科(・)学(・)聖(・)杯(・)戦(・)争(・)が」

　そして、上条当麻の元に現れる、キャスターを名乗る記憶喪失の少女。
　その少女を追う青年紳士――サーヴァント、アサシン・サ(・)ン(・)ジ(・)ェ(・)ル(・)マ(・)ン(・)。

　集うは科学の英霊三騎。キャスター、アーチャー、バーサーカー。
　集うは魔術の英霊四騎。セイバー、ランサー、ライダー、アサシン。

　科学と魔術に、運命が交差する時、物語は始まる。




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