怪奇存在アヤカシが、浸蝕結界と呼称されるダンジョンによって人間社会へ侵攻を行っている世界。そんなアヤカシを極秘裏に狩っているアヤカシハンターたちがいた。彼らは一般人の預かり知らない内に世界を守っており、主人公の根源坂開登（こんげんざか・かいと）もまたその一人であり——現役高校生ながら屈指の実力を誇っていた。
　彼は過去に、幼馴染である白咲彼岸を救うために最強格アヤカシのサカサヒガンと契約を交わし（実際にはサカサヒガンが絆されて）、アヤカシの持つ浸蝕結界展開能力をその身に宿したのだ。
　それを世のため人のために使っていた開登だったが、高二の秋にはぐれアヤカシの黒紫あげはに一目惚れしてしまう。彼女は人間が好きという、アヤカシとしては異端者であったため、開登は彼女と心を通わせるも、あげはが「世界の運命を支配するアヤカシ」——ラプラス＝ファタールを降臨させるための器へと改造されていたことが発端となり、悲恋の別れとなる。
　開登は高三になっても悲恋を引き摺りハンターに復帰できずにいたが、彼の前に、あげはそっくりのハンター・穂村まりんが現れる。彼女と共にアヤカシを倒したり日常を送ったり、彼岸を助けたりしていく内に、開登の心の傷は少しずつ癒されていく。
　だが、穂村まりんがラプラス＝ファタールの成り損ないであることが判明する。動揺する開登だったが、まりんが開登を介して人類の味方になりたいと思っていることを察しており、彼女を連れ戻すことを決心する。
　そんな中現れる最強クラスのアヤカシ——シュテン＝ハーゲン。シュテンは世界を自身の結界で書き換えてアヤカシの世界を作ろうとしていた。まりんを始めとする仲間たちとの交流や共闘の中で、彼岸への恋慕を自覚した開登は、彼女へ思いを告げる。そして、一生添い遂げることを決意した開登と彼岸は、二人の力を合わせて、見事シュテン＝ハーゲンの完全撃破に成功するのだった。

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